El Cenote Esmeralda es una joya natural ubicada dentro de la Laguna de Bacalar. Su nombre proviene del intenso color verde esmeralda que lo caracteriza, resultado de la mezcla de minerales y corrientes de agua subterránea que emergen en esta zona. Es un punto de gran profundidad que crea un contraste sorprendente con las aguas turquesa que lo rodean. Durante los tours en barco, se realiza una parada para admirar su belleza y conocer sobre su importancia ecológica, ya que aquí se encuentra uno de los ojos de agua que alimentan la laguna. Sin embargo, por seguridad y preservación, no está permitido nadar en este sitio. La visita se limita a observarlo desde la embarcación.

El Cenote Cocalitos, conocido como el "Santuario de los Estromatolitos", es una de las joyas naturales más emblemáticas de Bacalar. Sus aguas poco profundas y cristalinas permiten observar de cerca estas formaciones milenarias, consideradas los organismos vivos más antiguos del planeta. Sin embargo, debido a su fragilidad y para preservar este ecosistema único, está prohibido nadar en las áreas donde se encuentran los estromatolitos. Por ello, durante los recorridos en barco por la Laguna de los Siete Colores, Cocalitos es una parada para admirar desde la embarcación, sin posibilidad de ingresar al agua en esa zona específica. Esta medida busca proteger y conservar este tesoro natural para las futuras generaciones.

A pocos metros del Cenote Cocalitos, los recorridos en barco hacen una parada en una zona baja y cristalina de la Laguna de Bacalar, ideal para nadar y relajarse. Este punto de nado destaca por sus aguas poco profundas, su fondo arenoso y el característico color turquesa que da nombre a la Laguna de los Siete Colores. Es un lugar seguro y perfecto para sumergirse, flotar o simplemente disfrutar del paisaje. A diferencia de otros puntos más profundos o delicados, aquí sí está permitido nadar, lo que lo convierte en uno de los momentos más esperados del tour.

La Isla de los Pájaros es una pequeña isla ubicada dentro de la Laguna de Bacalar, conocida por ser un santuario natural donde habitan y anidan diversas especies de aves, como garzas, espátulas rosadas y cormoranes. Su vegetación densa y su tranquilidad la convierten en un punto clave para la observación de aves y la contemplación del ecosistema local. Durante los recorridos en barco, se realiza una parada frente a la isla para admirarla desde la embarcación, ya que por motivos de conservación no está permitido descender ni nadar en esta zona. Es un espacio protegido que resalta la riqueza natural de Bacalar.

El Canal de los Piratas es uno de los destinos más emblemáticos de Bacalar, Quintana Roo. Este canal natural conecta la Laguna de Bacalar con el Río Hondo y debe su nombre a las historias de corsarios que, durante la época colonial, utilizaban esta vía para saquear la región. Durante los recorridos en barco, se navega a través del canal, permitiendo a los visitantes apreciar sus aguas cristalinas de tonalidades turquesa y su fondo arenoso. Una vez en el lugar, se realiza una parada donde está permitido descender de la embarcación para nadar y disfrutar del entorno. Las aguas poco profundas y la suave corriente hacen de este sitio un lugar ideal para relajarse.