La obra maestra de Leonardo, la Última Cena, una de las obras maestras pintadas más grandes del mundo, ocupa la pared final del refectorio anterior del Monasterio Domenican del siglo XV. Pintado por Leonardo entre 1495 y 1498 retrata a los apóstoles sentados junto con Jesús cuando Jesús anunció que uno de ellos lo traicionaría. La emoción de los Discípulos se transmite de sus gestos, movimientos y rostros, y contrasta con la aparente inmovilidad de Cristo que domina el centro de una composición ricamente simétrica en perfecta perspectiva. La pintura fue milagrosamente intacta por los bombardeos de agosto de 1943 que dañaron el claustro cercano y parte de la iglesia.