El Museo del Genocidio (S-21 ) sirvió como centro central de un vasto sistema penitenciario en todo el país y se utilizó durante todo el período como centro secreto para la detención, interrogatorio, tortura y exterminio de los considerados “enemigos políticos” del régimen. Debido a una política de culpabilidad por asociación, a veces familias enteras eran detenidas en el centro. Muy pocos reclusos fueron liberados de la prisión durante los años 1975 y 1979. Solo 12 ex reclusos sobrevivieron a la apertura de la S-21 cuando Phnom Penh fue liberado. Cuatro de ellos eran niños.
Killing Field entre 1975 y 1979 por los jemeres rojos en la perpetración del genocidio camboyano. Situado a unos 17 kilómetros al sur del centro de la ciudad, estaba unido al centro de detención de Tuol Sleng. Los cuerpos de 8.895 víctimas fueron exhumados del lugar tras la caída del khmere Rouge, que habría sido ejecutado allí —típicamente con picos para conservar balas— antes de ser enterrado en fosas comunes.