El conjunto del Colegio Mayor de San Ildefonso y Rector de la Universidad de Alcalá se estableció como centro de la estructura universitaria diseñada por el Cardenal Cisneros a partir de 1499. Su fachada fue construida a partir de 1537 por Rodrigo Gil de Hontañón, arquitecto de las catedrales de Salamanca y Segovia, fue terminada en 1553 siendo aparejador de la misma Pedro de la Cotera. En su elegante decoración trabajaron los más cualificados de la época y forjaron sus barras maestros de la admirable Catedral de Toledo Francisco de Villalpando y Ruiz Díaz de los tallistas de Corral. Conserva el Patio de Santo Tomás de Villanueva, el Filósofo y el trilingüe. El Paraninfo y la Capilla Universitaria son los dos únicos edificios del Colegio construidos en tiempos de su fundador. Escolástico el Paraninfo o teatro, Situado en la crujía occidental del Patio Trilingüe, estaba destinado a la imposición de grados y donde tenían lugar los actos académicos solemnes.

Debe su origen a la antigua aljama judía de la ciudad, en torno al siglo XII, que se construyó al paso de la calzada romana Caesar Augusta que pasaba por Complutum. Al igual que hoy, fue la calle comercial de Alcalá por excelencia durante la Edad Media, por lo que se apoyó casi en su totalidad, para situar los comercios a pie de calle, mientras que las viviendas se encontraban en el piso superior (con una galería que comunicaba a los habitantes de las distintas viviendas sin tener que descender a la vía pública).

El lugar de nacimiento de Miguel de Cervantes ha sido debatido y cuestionado durante mucho tiempo, y no fue hasta 1948 cuando Luis Astrana Marín, autor de La vida heroica y ejemplar de Miguel de Cervantes Saavedra, proclamó este mismo edificio como tal. El inmueble está situado en el casco histórico de Alcalá de Henares, junto al Hospital de Antezana, donde trabajó el padre del escritor, Rodrigo de Cervantes. A raíz de este descubrimiento, el Ayuntamiento de Alcalá de Henares compró la propiedad en 1954 para crear un museo cervantino. El actual Museo, inaugurado en 1956 con el nombre de «Museo y Biblioteca Cervantes», es fruto de las obras de reconstrucción del inmueble original. La reconstrucción consistió en la creación de un jardín y una nueva entrada en el número 48 de la calle Mayor. Anteriormente estaba ubicado en el número 2 de la calle Imagen. Por Real Decreto 680/1985, de 19 de abril, la Casa Natal de Cervantes fue cedida a la Comunidad de Madrid.

La Catedral Magistral de los Santos Justo y Pastor, se alza como durante toda la Edad Media fue el centro de la villa. Con una estructura de círculos concéntricos, de este lugar partían las distintas calles que conducían a las puertas del recinto amurallado. Además de su condición de centro religioso, fue a su vez el centro político y social de Alcalá. En la Plaza de Abajo y de la Picota se ubicaban las casas concejiles. Su origen se remonta al martirio de Justo y Pastor, acaecido en este lugar a principios del siglo IV, ya que la catedral se levanta en el lugar donde según la tradición fueron decapitados y enterrados los mártires Justo y Pastor. Sobre edificaciones anteriores, a partir de 1497 se comienza a construir en estilo gótico, el edificio actual por decisión del Cardenal Cisneros, encargando la obra a los hermanos Antón y Enrique Egas, ayudados por el complutense Pedro Gumiel. La Iglesia tiene dignidad catedralicia reintegrando la Diócesis Complutense en 1991