El tiempo es un factor para tomar en cuenta a la hora de planear tu viaje a Qikiqtarjuaq, y ten presente que las opciones más económicas generalmente están disponibles cuando el tiempo no es bueno. Por lo general, los meses más cálidos son agosto y julio, con una temperatura promedio de 1 °C, mientras que los meses más fríos son febrero y enero, con un promedio de -25 °C. El promedio de precipitaciones anuales en Qikiqtarjuaq es de 299 mm.